耐水硅膠具有很強的干燥能力，還有著遇水不裂的特性，耐水硅膠的這一特性與其結構有著密切關系。與普通硅膠相比，耐水硅膠具有更為堅同的骨架結構，其內部表面在吸脫附水時具有更小的表面張力，這都大大增加了硅膠的耐水性。制得的耐水硅膠根據其不同的孔大小及表面特性，被應用于不同的領域。耐水硅膠的基本結構單元是硅氧四面體，即四個氧原子在四面體的四角，硅原子在四面體的中心，每個氧原子又為相鄰的兩個硅原子共有。硅氧四面體以不同方式聯結、堆積成SiO膠粒，并進而形成耐水硅膠的骨架。