根據床層設計，可以將分子篩純化器分為三種：立式，臥式和環形。
    立式床的特點為緊湊體積小，占地面積小，但氣流分布容易不均勻。見于立式床的橫截面積的有限性，立式床的床層通常較高，分子篩一般采用4*8目或1/8”條，以減少分子篩氣流的阻力，防止床層受到氣流沖擊發生床層反轉現象(Bed lifting)。立式床一般用于3000m3/h以下的小空分。臥式床同樣為圓柱形，使用時是臥式的，分子篩裝填于中間部分，臥式床的分子篩的裝填高度0.8-1.2米，可以減少Bed lifting的產生，采用多個進氣口進氣，氣流分布比較均勻，為3000m3/h以上的大空分使用。環形分子篩純化器是將分子篩裝填在一個環形的空間內，從環形內部進空氣，從外部出氣。環形裝填方式可以有效防止床層受到氣流沖擊發生反轉，保證純化器的正常運行。
    分子篩對水分的吸附能力遠遠強于對CO2的吸附能力，因此吸附水分后的分子篩再生時需要的再生溫度較高。小空分純化器的再生采用電加熱，可以加熱至250℃左右較高的溫度，分子篩的再生比較徹底。大空分純化器的再生通常采用中壓蒸汽加熱，一般加熱溫度在170-185℃，吸附的水分很難再生完全或者再生需要很長的時間，因此大空分純化器在分子篩床層之前通常裝填三氧化二鋁，用來吸附水分。活性氧化鋁對水分的吸附能力比分子篩弱的多，需要的再生溫度遠遠低于分子篩，蒸汽加熱完全可以使活性氧化鋁再生完全。
    分子篩床層裝填的平整度嚴重影響床層的穿透時間，保證床層的裝填均勻平整，可以有效保證分子篩床層的使用時間。通常分子篩裝填時每一大桶分子篩倒入后，攤平，然后再倒下一桶。由于分子篩對水分的吸附很快，因此裝填時應選擇晴朗干燥天氣，盡量減少分子篩對水分的吸附。床層裝填完成后，根據使用的分子篩情況，一般需要再生一次，然后準備投入使用。
    一般大空分裝置在分子篩純化器前都裝有空氣預冷系統，在進純化器前將空氣預冷至6-10℃。通過預冷一方面可以大大減少空氣中的水分含量，另一方面可以增加分子篩床層對CO2的吸附量。在壓力較低時，氣體的粘度大。在純化器的充壓階段，應該緩緩打開進氣閥，絕對禁止突然開啟。突然開啟，純化器中突然進入大量氣體，容易造成Bed lifting使床層掀翻。床層達到預定壓力后，可以進行正常吸附。
   分子篩純化器在使用過程中，通常需要對其進口和出口溫度加以監控。在吸附過程中，由空氣進出純化器溫度的變化所形成的兩條曲線被稱為“吸附溫度曲線”。在再生過程中，由污氮氣進出純化器溫度的變化所形成的兩條曲線被稱為“再生溫度曲線”。分子篩純化器運行的好壞，都會在其溫度曲線上有所體現。因而，在分子篩純化器的運行過程中，認真檢查和分析溫度曲線，具有很重要的實際意義。一般情況下，只要空氣預冷系統正常，空氣進純化器溫度就不會變化，因而溫度曲線是一條水平的直線。而空氣出純化器溫度除剛開始的一段時間較高處，以后變化也極小，因而也近似是一條直線。
    空氣在經過純化器后，溫度會有所升高。這是因為空氣中的水分和二氧化碳被分子篩吸附，而吸附是個放熱過程。對于全低壓流程空分設備而言，空氣進純化器壓力在0.6Mpa（G）左右。如果空氣預冷系統配有冷凍機，則空氣進純化器溫度約為6-10℃。在這種情況下，空氣進出純化器溫度之差約為3-4℃。在分子篩純化器由再生轉為使用，吸附工作剛開始的一段時間內，空氣出純化器溫度較高，這時出口溫度要比進口高出近20℃。這種現象在大多數情況下并不是由于再生過程中的冷吹不徹底造成的，而是由于純化器在切換至使用前的充壓過程造成的。在空分設備中用于吸附水分和二氧化碳等13X分子篩，除對極性分子如水和二氧化碳等具有吸附能力外，對非極性的氮氣和氧氣也有一定的吸附作用。充壓過程是一個壓力上升的過程，隨著壓力升高，分子篩的靜吸附容量增大，更多的氮氣和氧氣被分子篩所吸附。而這個過程同樣是個放熱的過程，這種放熱使得分子篩床層溫度升高。當充壓后的純化器轉為使用時，空氣將分子篩床層的熱量帶出來，從而引起出口溫度的升高。另外保溫層中殘余熱量也會造成分子篩床層的溫升現象。有的空分設備中，采用增加一個“混合”步驟，可以減少這種溫度波動對主換熱器的不利影響。“混合”步驟是指剛再生過的純化器投入使用后，原在吸附工作的純化器繼續使用，并列運行一段時間。這樣由于從原使用的純化器中出來的空氣溫度是較低的，混合在一起的空氣溫度也就不至于會象單獨使用一個純化器那樣高了。
    如果空氣進純化器溫度升高，則溫差也相應會有所增大，這是因為空氣溫度升高使得空氣中水含量增多。如果在純化器使用過程中（剛開始使用的一段時間除外），出純化器空氣溫度突然升高，而進純化器溫度和壓力卻較為穩定，這種情況往往顯示空氣已經將空冷塔的水帶入分子篩純化器了。分子篩對水分的吸附能力最強，吸附水分的放熱也是最大的。純化器的溫升對水分是非常敏感的。